Pomembno načelo naturopatije poudarja pomen holističnega (celostnega) pristopa k raziskovanju, razumevanju in obravnavi klienta. Sokrat je že v 4. st. pr. n. št. opozarjal, da se nikdar ne sme obravnavati samo posameznega dela telesa, saj »posamezen del ne more biti zdrav, če ni zdrava celota«. Holistični pristop k zdravju je način življenja. Ne osredotoča se na bolezen ali posamezne dele telesa, temveč ta starodavni pristop k zdravju upošteva osebo kot celoto, pri čemer pripisuje velik pomen tudi vplivu okolja, v katerem posameznik živi in deluje. Poseben poudarek daje na povezavo med umom, telesom in duhom. Naturopatske metode skušajo spodbuditi moč samozdravljenja organizma. To pa je možno le s holističnim pristopom, ki vključuje individualne lastnosti klienta in ga motivira, da odgovorno sodeluje pri obnavljanju svojega zdravja na nivoju prehranjevanja, načina življenja ter duševnega in psihičnega razvoja. Cilj je, da se doseže najboljše možno dobro počutje z najboljšim možnim delovanjem celotnega sistema. Pri holističnem pristopu k zdravljenju posameznik prevzame svoj del odgovornosti za vzpostavljanje dobrega počutja in zdravja.
Cilj naturopatske obravnave ni samo povrnitev zdravja in dobrega počutja, temveč tudi razumevanje, da ne moremo biti zdravi v nezdravem okolju. Osnovno prepričanje v naturopatiji je, da se začne zdravje slabšati zaradi izgube vitalnosti oz. življenjske sile. Zdravje se lahko povrne tako, da se poveča vitalnost posameznika, kar sproži regenerativne sposobnosti samozdravljenja.
Življenjska moč ali vitalnost se zmanjša zaradi različni dejavnikov – fizičnih, duševnih, čustvenih, duhovnih in okoljskih. Na vitalnost tako lahko vplivajo dejavniki, kot so npr.
- moč konstitucije, ki je genetsko pogojena,
- prehrana, ki je lahko preobilna ali pomanjkljiva,
- izpostavljenost svežemu zraku, čisti vodi, sončni svetlobi in naravi,
- življenjski slog, kamor prištevamo zaposlitev, izobrazbo, gibanje, počitek in rekreacijo,
- poškodbe in bolezni,
- obremenjenost organizma zaradi zunanjih in notranjih toksinov (onesnaženost okolja, pesticidi in stranski produkti metabolizma),
- zdravstveno stanje organov razstrupljanja (jetra, ledvica, limfa),
- zdravstveno stanje organov izločanja (črevesje, žolčnik, mehur, dihala in koža),
- čustva in odnosi,
- kulturno in kreativno udejstvovanje,
- skupnost, okolje in ekologija ter
- socialni in ekonomski dejavniki.
